ProtGPT2 Fine-Tuning

Zeeshan Siddiqui

Nov 10, 2023

6 min read

On this page, we will show and explain the use of ProtGPT2. As well as document the BioLM API for fine-tuning, demonstrate no-code and code interfaces.

Description

ProtGPT2 is a language model that can be used for de novo protein design and engineering.

The model is capable of generating de novo protein sequences that maintain amino acid and disorder propensities akin to natural proteins but are evolutionarily distant from known protein space. Secondary structure prediction suggests 88% of its sequences are globular, similar to natural proteins. ProtGPT2 can quickly generate sequences on standard workstations or be fine-tuned for specific protein families, with applications in various scientific fields. It can generate de novo protein sequences that are evolutionarily distinct yet exhibit natural-like properties and stabilities. ProtGPT2 also explores uncharted areas of the protein space, potentially contributing to advancements in biomedical and environmental science applications

By applying state-of-the-art techniques from natural language processing, specifically generative Transformers, ProtGPT2 is an example of how advanced computational methods are being leveraged to push the boundaries of synthetic biology and protein engineering. Ferruz et al., 2022

ProtGPT2’s ability to produce sequences quickly and its capacity to be fine-tuned for specific families of proteins, makes it a flexible and valuable tool in multiple cutting-edge scientific and engineering domains

API Usage: Finetune ProtGPT2 Generator

The endpoint to Finetune ProtGPT2 Generator: https://biolm.ai/api/v1/finetune_run/

Making Requests

Curl

curl --location 'https://biolm.ai/api/v1/finetune_run/' \
--header "Authorization: Token $BIOLMAI_TOKEN" \
--header 'Content-Type: application/json' \
--data '{
"pipeline": "finetune_protgpt2_generator",
"input_json": {
    "max_train": 2000,
    "max_validate": 500,
    "train": ["EVQSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSQFSLKLTSVTVADTATYYCARGRFGSSGYGMDVWGQGTTVSVSS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGERRYSSVFYFDYWGQGILVTVSS", "EVQHWINQAPGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHDGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLNLTSLTAADTALYYCARDYGSSSWYYYYGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQPAGKGLEWIGRIYYSGYTGYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGGPCSGGDCNSPWGQGTLVTVSS", "EVQVSVSCKASGYTFTSYYMHWVRQAPGQGLEWMGIINPSGGSTSYAQKFQGWVTMTRDTSTSTVYMELSRLRSDDTAVYYCARGYNVVPDGYNIDYWGQGTLVTVSS", "EVQVSSPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLKARVTVSVDRSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHRNDSGSYWTWMDVWGQGTTVTISS", "EVQVSGGSISSSSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTSYNPSLKSRVSISVDTSKNQFTLKLSSVTAADTAVYYCARTLQLLVVVPNFYFDYWGQGTLVTVSS", "EVQISGRFTISGGSVKGRFTISGGSVKDQFKISAVSVKGRFTVSGGSIKGRVTVSGSFTIPGGSVKGRFTVSGKFTIPGGSVMGRFTISG", "EVQTDTSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARSHCSGGSCYLTCDVSGASCRASLAFWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGYSISSGYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYRGSSTSYNPSLKSRVSISIDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCAREGSGYSSGAFDIWGSAYYYGMDVWGQGTTVTVSSS", "EVQVSSNSAAWNWIRQPPGKGLEWIGEMYHSSSSTTYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAIYYCAKGWESSWADYWGQGTLVTVAS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQHPGKGLEWIGYIDYSGSTNYNPSLKSRVSISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTALYYCARGRSGIAVFQHFDYWGQGTLVTVSS", "EVQFWSGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMRVSWIRQSPSRGLEWLALIDWDDNKYYYSSSVRGRFTISRDDSKNTLDLQMNSLRDEDTAVYYCAKGGFHSSGWFGYYGMDVWGQGTMVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSNYWWTWIRQPPGKGLEFIAVISTGGSSTIYKPAVKGRVTISRDTSKNQFSLRLTSVTAADTAFYYCTREGHCSHSAFDIWGRGTLVTVSS", "EVQTLTLTCAISGDSMTGGYGMHWVRQPPGKGLEWIGFIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDRYIAAYFGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQTIDSLRAEDMYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSINQFSLKLTSVTAADTAVYFCARQGYGGDSWGQGTLVTVSS", "EVQKFQGRVTMTEDTSTDTAYMELSSLRSEDTAVYYCARAQDRWVIGDYWYFDLWGRGTLVSVSS", "EVQVSSASVKVSCKASGYTFTDNWIGWVRQAPGQGLEWVGWINPNTGNPTYAQGFTGRFVFSLDTSVSTAYLQISSLKAEDTAVYYCARGLGAVAGAFDYWGQGTLVTVSS", "EVQIDTAYQWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSVKYNSSLKSRVTISTDKSKNQFSLKVNSVTAADTALYYCARGRHESGSYFYFDSWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISIDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARLYYDSSGVPNYGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNHFSLKLSSVTAADTAVYYCARGLSGIFGYSGYWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKRQFSLKLSSVTAADTAVYYCARSYAAYCSGGSCFSEFFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSGSYYWSWIRQPPGKGLEYIGSLYTGATIYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGGFGSAMTPLNWFDPWGQGTMVTVSS", "EVQMELSCASVSSVTVSSQWSLTLTCTVSGFSITGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSIKYNPSLKSRVTISIDTSRNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARAQCGGSGCGGYSFDYWGQGTVVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARIGGYFFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRITISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARITTSSHYDYWGQGTLVTVSS", "EVQMELSCAASGFTFDDYAMHWVRQAPGKGLEWVAFISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNPKNSLYLQMSSLRVEDTAVYYCAKDWTRYCGKDTLDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISIDSSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARSPTRVVAANGLNYWGQGTMVTVSS", "EVQSSGRFTISRDNAKPVTYYWSWIRQPAGKGLEWIGRIYTSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGAYLRRFWSGYFGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCVRQVGYCSAFDIWGQGTLVTVSS", "EVQVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTSYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLTSVTAADTAVYYCARRRQQLRRAPLVWGGGGGSPSWGQGTPVTISCEASGYTFNTRDTHWVRQAPGKGLEGVGYWSSTIDHNLPSLRDYVENFRNQFSLSITSMSAEDTAIYFCARSCGGHYYYDSSGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQVSGISWNWIRQPPGKGLEWIGSFNWDSEYSPSVKSRLTWSADTSKNQFSLQLNSVTVEDSAVYYCARYSSSITIFGVVVWGQGTTVSASS", "EVQMELISIGSSYYYYGMDVWGQGTLVTVSSTNYNPNSVNPTQTLTLTSTVYDYWGQGTTVTVSSTYYNPYSVNPTQTLTLTGTT", "EVQVSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLTSVTAADTAVYFCARGPIWTKYYYDSSGAFDIWGQGTMVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSNYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYHSGSANYNPSLKSRVTISIDRSRNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDGGYGSGAFDIWGQGTMVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARSGSWGSFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTSLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWNDDKRYSPSLEGRVTISVDTSTNQVSLKLNSVTTADTAVYYCTRGVGGAGPYYDYWGQGTLVTVSS", "EVQVSSYTGSVKGRFTISCKGSGYSISSYAMHWVRQAPGKGLEWMGWISPDDSDASYAQRFQGRITMTTDTSVSTNTLSLQMNSLRPEDTAVYFCARADNSGVKFDPWGQGTLVTVSS", "EVQHSGTSLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTRGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLASRVTLSKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARPSTVTLLWNYGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQTLTLTCAISGDSISSNSAAWNWIRQSPSRGLEWLGRTYYNGTDYADSVKSRITINVDNSTNTLSLQMNSLTAEDTAVYFCARERGDYFDYWGQGTLVTVSS", "EVQMHWVRQAPGKGLEWVSYISSSGSTIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDSALYHCAKDRAMMVRGLLDYWGQGTLVTVSS", "EVQISGDTAMQVSVKGRFTISCTVSGGSISSHFWTWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGVWGSGSSIWGQGTTVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSFYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAWVRWLSQYYFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTYFWSGYTDVWGQGTTVTVSS", "EVQVNWVRQAPGRGLEWISYIYSDSNKYYADSVKGRFTISRDDSKTLANLQMNSLKTEDTAVYYCARDHRRILTGYMDWGQGTLVTVSS", "EVQMDPSLKSRVTISIDTSKNQFSLRLNSVTAADTAVYYCAGVVSCSGGSPPFDYWGQGTLVTVSS", "EVQASGYTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIFWDDDKRYSPSLKSRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHDSPARLINYFDDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYFWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTMSIDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGKRREWYFDLRRGFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSGGYSWSWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKSQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDRAAGILVRAFDIWGQGTLVTVSS", "EVQTSLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVSWIRQPPGKALEWLALIDWDDDKYYSTSLKSRVTISIDTSKNHFSLQMNSLRAEDTAVYYCARAHRQSRGGAFDIWGQGTTVTVSS", "EVQTSGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTNYNPSLKSRVTMSVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARVSYYDSSWPPSPFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYHSGSTYYNPSLKTRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYHCARVASGAGTGHYYFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDSGYGEYWLDPTNYFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCTFSGFTFNNNHIHWVRQAPGKGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADTSVTTSYMELSSLRSDDTAVYYCARDDGSGTTWSDTSYWGQGTLVTVSS", "EVQMELSSLRSEETATENVCTAYGGSLRLSCAASGFTFSSTSMHWVRQAPGKGLEWVAVISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCARYSSGPGGYFAFDIWGQGTTVTVSS", "EVQTLSLTCTVYGVGVKDYGWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCAREPQTGVVAAFFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARVCGGSCYRSSWFDPWGQGTLVTVSS", "EVQVSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSPEQFSLKLTSVTAADTAVYYCAGGGGYDPYDFWSGYYSEYWGQGTLVTVSS", "EVQSLSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTPHLQLSLTCSVTDRAVYYCARAVYFSGSNFFDYWGQGTLVTVSS", "EVQVSSNTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVSWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLKSRVTISVDTSKNQFSLQLNSVTPEDSAAYYCARDGGRWFDFWGQGTLVVVSS", "EVQKFQGRVTMTEDTSKNTAYMELSSLRSEDTAVYYCARDRDTATGGYYGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSGGFYWSWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAIYYCARGLWYSSGYLRAFDIWGQGTTVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYNPSVYKSLNTFSTDDSKSELSLNSLTAADTAMYFCARLERWDYYDVWGQGTTVTVSS", "EVQSSGYYLRVTTSRGPVTYYWSWIRQPPGRGLEWIGETFSGATIYHPSAVKGRVTMSVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARDLPHSSSPVYFDHWGQGTLVTVSS", "EVQTDSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGGYYDNAFAWWFDLWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSGGYYWNWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARDRRGSSSHNWYLYDHWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTISGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARVIVVGIPRAYDVWGQGTLVTVSS", "EVQISGDTAVYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSRNSLSLKLSSVTAADTAVYFCARIRAPEAGGAWGTHDYWGQGTLVTVSS", "EVQVSGGSISSTSPMCVRQPPGDSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWISRIKSSSSYTNYADSVKGRFTISRDDAKNSVYLQMDSLRADDTAVYYCARSLGYSSSWYFDLWGKGTTVTVSS", "EVQTLVTVSSPSWIRQPPGKALEWLAIDYSGDKYYSPSLKSRVTISVDTPNNQFSLKLTSVTAADTAVYHCARLRSRTLSSGPPFDYWGQGALVTVSP", "EVQIDYWYFDLWGQGTLVTVSSTELDTAMYYYGLGYAMKDFWQRTKVTVSSTTVTVSSTTATVSSTTTTVDTATYYVDVWGQGTLVTVSSTAWDTAVYHSGSTNFNPSLWGQGALVTVSSTSWTTNYYIDAWGQGTLVTVSSTDWDTALYYYDSSGTYYFDYWGQATLVTVSSTTWSTAYYYDGTSTSTLYP", "EVQTLTLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRATISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYHCATLKGTALGWFDPWGQGTLVTVSS", "EVQVDTSNILFICGGAFAGLERIVSRRLGQGSIGFGASVGAKNTLESRHKGQSTLQLQETDVYGMVSDIVGMEDLLKFGLIPELVARLSTLVPMNSLSREALDVILLDTCRESFSQNQVELGVRLSVTPEAQDYLVRQSFDPAFGARPLRRAMQIYIEDPLSRAILSGEFAAEDTVVLRAEGDGLTFAPSA", "EVQVSSMTLVKPTQTLTLTCTFSGFPLSTYGIAWIRQPPGKALEWIGSIYHSGSTYYNPALKNRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAARPMLRRDAFDIWGQGTMVTVAS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYYFGSTSYNPSLKSRVTISIDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAGSSSYSFGGQQLSNYFDVDVWGQGTTVTVSS", "EVQVSSMTAAWNDDTAYMELSCAASGFTFSSYWMHWVRQAPGKGLEWVAVISTGDSDTYIQSLQSRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPEDTAVYYCARHPHDENSGVGGVWGQGTLVTISS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKSQLNLKLSSVTAADTAVYFCARTASIFGVVKLLVPAALGFDYWGQGTLVTVSS", "EVQISGYYWSWIRQPNWMDVWGKGTTVTVSSASVKDYYWITIFGQGTMVTVSSTSVTGYSGSTFYSGATVTVSSTSVTVTSTYNYWGPYYSSTTVTVSSVSVTVSSTSAYYYGSYSSYTGSSYYNYGYRNWWGSGSNYWYSGYSSYYYSGSSSGYFYGYYSYYYGGYSSSRYYYYYG", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAIYHCARHLGVSLAFDIWGRGTMVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDPIAVVPTTGTFDYWGQGTLVTVSS", "EVQASGWIRQPPGKGLEWIGSISYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKAQFSLKLNSVTAADTAVYYCARGVDWDFDFWGQGTLVIVSS", "EVQTSKNQVVLTMTNMDPSLKSCAASGPTLYLQMNSLTAVDTAMYYCARRFDVWGQGTLVSYKYSDAFDIWGQGTMVTVSS", "EVQVSGGNYYYWSWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKYYSPSLKSRLTITKDTSKNQVVLTMTSLTAADTAVYYSARDWYGLEGIRGWLDPWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWAWIRQPPGRGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARLWGATMIVVGFDSWGQGTLVTVSS"],
    "validation": ["EVQTLTLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARHSIAASGSYCHFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISADKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYHCARDPTTGVTVAVFDYWGQGTLVTVSS", "EVQISGISWVRQPSLKSREEVSCKVSSNYSGSTHYWTWIRQPPGKALEWIGYIYYSGSTYYNPSLESRVSISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARRSLMPYFQHWGQGILVTVSS", "EVQVSSASVKVSCKASGYTFTSYAMHWVRQAPGQGLEWMGWINPSANTGYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCARLPIWEHYYYFDYWGQGTLVTVSS", "EVQVSSDIWGQGTLVTVSSKDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAPRLGSDYWGQGTLVIVSSKVTSRSQFYFSVSASGGSAYGQSGYDAFDIWGQGNLVTVSSKGGSGGQFSLQLNSVTAADTAIYFCARSITIFGSTFFGMDVWGQGTLVTVSA", "EVQTLSLTCTVSGGSISSNEWMNWVRQVPGKGLEWIGFVDPSDSTRYSPSFKSRLTMSLDTSVSTAYLQWRSLKASDTAMYYCARTRGMVRGIYAGDCGLYYFGYWGQGTLVTVSS", "EVQVSGGKDTSKNQFSLKASCAASGFTFSRFAMTWIRQSPGQGLEWIGRIDYSGSEKYYSDSVKTRLAISKDNFKNQVSLRLNSVTAADTGTYYCARTLVTVSAPLKFHDAFDIWGRGTLVTVSS", "EVQVSSPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTNGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLRSHVSISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHVRTIFGVVWFGQGELVTVSS", "EVQAPGHISSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGRGDYDFWSGYLLDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSVSSGSYYWSWIRQPPGKGLQWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARETAVAGFDDCWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVSISIDKSKNQFSLKLSSVTPADTAVYYCARQSGYGGGVDVWGQGTTVTVSS", "EVQTSTAYMYWVRQAPGPGMEWVSGIGGAGATQHYADSVKGRFTISRDNSKNTVYLQMNSLKTEDTAVYYCAKDWRDFDYWGQGTLVTVSS", "EVQVSGSVKGRFTISRDYADSTYYYGYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLQSRSVTASDTAVYYCARATGDYWGQGTLVTVSS", "EVQDSDDTVYAEVKKPRPTKASVYTSTAYTQTLTLTCAVYSGSFSYYWGWIRQSPGKGLEWIGSAKSTSGNTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKVRSVTAADTAMYYCARGRYSGGDAFDIWGQGTMVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYSWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDQSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCATPPDYWGQGTLVTVSS", "EVQVSGGSFSGYYWSWIRQPPGKGLEWIGSIHYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGRCVVGGGIEFGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQMPPISDSRVTIGVKVSRTTYYWSWVRQPPGKGLEWIGEINHDGSANYNPSFNPSLKSRLTIARDNAVTAYMELTSLTAADTGTYYCARRALGGSFDIWGQGTMVTVSS", "EVQMELSCLGLTSHWGLGQGYSMNWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNTKFADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCVKGDIVVVAAAWGALDFDYWGQGTLVTVSS", "EVQISGYTGSVKGRFTISKDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARYYDGFDYVWGSYYWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYVYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYHCARDYDTATSRCYWGPGTLVTVSS", "EVQTSGMELTELSQTLSLTCMVQGTSLRSKYWSWVRQAPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPKLQARLTISIDTSKNQFSLRLTSVTAADTAVYYCAHVRYYDNWNPDYFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCAISGDSMTGGYGMHWVRQPPGKGLEWIGFIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDRYIAAYFGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQVSGGSISSSSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDVGYSSPDAFDIWGQGTMVTVSS", "EVQISGMELKFQGRVTIMPTANVSGTNYAQSLETLSLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQPAGKGLEWIGYIYTSGTTNYNPSLKSRLTISVDMSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGKYHSSYGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARSTFDYSSDFWGQGTLVTVSS", "EVQTLTLTCTVSGDSVSSYWNWIRQSPGTGLEWIGRIYTSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARSGYMDYYDSSGYFYWNWFDPWGQGTLVTVSS", "EVQVRGSQLELSSLSSMELSWYYYYMDVWGSGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVTWVRQARGQALEWLARIGDDDKYYSTSLKTRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARGLEWGFDYWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARHSIAARSQRSHYWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSYYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYSARDSSISSMDVWGQGTVVTVSS", "EVQMRGPGLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVSWIRQPPGKALEWLAIIYWDDDKFYSTSLKTRLTITKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARLVRYYDILTGRFDPWGQGTLVTVSS", "EVQTLSLTCSFSGSGFTFHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMTSLRAEDTAVYYCARDPVGGYPVHYYYGMDVWGQGTTVTVSS", "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARDPMGTTSGGSIVVTIFGVVVPSVSVSP", "EVQMELSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRDEDTAVYYCATDYQGDYSIDYWGQGTLVTVSS", "EVQVSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCASGSSYSGFDSYYDYWGQGTLVTVSS", "EVQTVSCKGSGYSFTAYINWVRQAPGQGLEWISRIDSSSTNTNYADSVKGRFTISRDNAKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCARGEGYWGQGTLVTVSS"],
    "epochs": 1
}
}'

Python Requests

import requests
import json

url = "https://biolm.ai/api/v1/finetune_run/"

payload = json.dumps({
"pipeline": "finetune_protgpt2_generator",
"input_json": {
    "max_train": 2000,
    "max_validate": 500,
    "train": [
    "EVQSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSQFSLKLTSVTVADTATYYCARGRFGSSGYGMDVWGQGTTVSVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGERRYSSVFYFDYWGQGILVTVSS",
    "EVQHWINQAPGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHDGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLNLTSLTAADTALYYCARDYGSSSWYYYYGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQPAGKGLEWIGRIYYSGYTGYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGGPCSGGDCNSPWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSVSCKASGYTFTSYYMHWVRQAPGQGLEWMGIINPSGGSTSYAQKFQGWVTMTRDTSTSTVYMELSRLRSDDTAVYYCARGYNVVPDGYNIDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSSPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLKARVTVSVDRSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHRNDSGSYWTWMDVWGQGTTVTISS",
    "EVQVSGGSISSSSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTSYNPSLKSRVSISVDTSKNQFTLKLSSVTAADTAVYYCARTLQLLVVVPNFYFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQISGRFTISGGSVKGRFTISGGSVKDQFKISAVSVKGRFTVSGGSIKGRVTVSGSFTIPGGSVKGRFTVSGKFTIPGGSVMGRFTISG",
    "EVQTDTSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARSHCSGGSCYLTCDVSGASCRASLAFWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGYSISSGYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYRGSSTSYNPSLKSRVSISIDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCAREGSGYSSGAFDIWGSAYYYGMDVWGQGTTVTVSSS",
    "EVQVSSNSAAWNWIRQPPGKGLEWIGEMYHSSSSTTYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAIYYCAKGWESSWADYWGQGTLVTVAS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQHPGKGLEWIGYIDYSGSTNYNPSLKSRVSISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTALYYCARGRSGIAVFQHFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQFWSGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMRVSWIRQSPSRGLEWLALIDWDDNKYYYSSSVRGRFTISRDDSKNTLDLQMNSLRDEDTAVYYCAKGGFHSSGWFGYYGMDVWGQGTMVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSNYWWTWIRQPPGKGLEFIAVISTGGSSTIYKPAVKGRVTISRDTSKNQFSLRLTSVTAADTAFYYCTREGHCSHSAFDIWGRGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCAISGDSMTGGYGMHWVRQPPGKGLEWIGFIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDRYIAAYFGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQTIDSLRAEDMYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSINQFSLKLTSVTAADTAVYFCARQGYGGDSWGQGTLVTVSS",
    "EVQKFQGRVTMTEDTSTDTAYMELSSLRSEDTAVYYCARAQDRWVIGDYWYFDLWGRGTLVSVSS",
    "EVQVSSASVKVSCKASGYTFTDNWIGWVRQAPGQGLEWVGWINPNTGNPTYAQGFTGRFVFSLDTSVSTAYLQISSLKAEDTAVYYCARGLGAVAGAFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQIDTAYQWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSVKYNSSLKSRVTISTDKSKNQFSLKVNSVTAADTALYYCARGRHESGSYFYFDSWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISIDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARLYYDSSGVPNYGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNHFSLKLSSVTAADTAVYYCARGLSGIFGYSGYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKRQFSLKLSSVTAADTAVYYCARSYAAYCSGGSCFSEFFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSGSYYWSWIRQPPGKGLEYIGSLYTGATIYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGGFGSAMTPLNWFDPWGQGTMVTVSS",
    "EVQMELSCASVSSVTVSSQWSLTLTCTVSGFSITGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSIKYNPSLKSRVTISIDTSRNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARAQCGGSGCGGYSFDYWGQGTVVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARIGGYFFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRITISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARITTSSHYDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQMELSCAASGFTFDDYAMHWVRQAPGKGLEWVAFISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNPKNSLYLQMSSLRVEDTAVYYCAKDWTRYCGKDTLDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISIDSSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARSPTRVVAANGLNYWGQGTMVTVSS",
    "EVQSSGRFTISRDNAKPVTYYWSWIRQPAGKGLEWIGRIYTSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGAYLRRFWSGYFGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCVRQVGYCSAFDIWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTSYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLTSVTAADTAVYYCARRRQQLRRAPLVWGGGGGSPSWGQGTPVTISCEASGYTFNTRDTHWVRQAPGKGLEGVGYWSSTIDHNLPSLRDYVENFRNQFSLSITSMSAEDTAIYFCARSCGGHYYYDSSGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQVSGISWNWIRQPPGKGLEWIGSFNWDSEYSPSVKSRLTWSADTSKNQFSLQLNSVTVEDSAVYYCARYSSSITIFGVVVWGQGTTVSASS",
    "EVQMELISIGSSYYYYGMDVWGQGTLVTVSSTNYNPNSVNPTQTLTLTSTVYDYWGQGTTVTVSSTYYNPYSVNPTQTLTLTGTT",
    "EVQVSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLTSVTAADTAVYFCARGPIWTKYYYDSSGAFDIWGQGTMVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSNYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYHSGSANYNPSLKSRVTISIDRSRNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDGGYGSGAFDIWGQGTMVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARSGSWGSFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTSLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWNDDKRYSPSLEGRVTISVDTSTNQVSLKLNSVTTADTAVYYCTRGVGGAGPYYDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSSYTGSVKGRFTISCKGSGYSISSYAMHWVRQAPGKGLEWMGWISPDDSDASYAQRFQGRITMTTDTSVSTNTLSLQMNSLRPEDTAVYFCARADNSGVKFDPWGQGTLVTVSS",
    "EVQHSGTSLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTRGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLASRVTLSKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARPSTVTLLWNYGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQTLTLTCAISGDSISSNSAAWNWIRQSPSRGLEWLGRTYYNGTDYADSVKSRITINVDNSTNTLSLQMNSLTAEDTAVYFCARERGDYFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQMHWVRQAPGKGLEWVSYISSSGSTIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDSALYHCAKDRAMMVRGLLDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQISGDTAMQVSVKGRFTISCTVSGGSISSHFWTWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGVWGSGSSIWGQGTTVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSFYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAWVRWLSQYYFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTYFWSGYTDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQVNWVRQAPGRGLEWISYIYSDSNKYYADSVKGRFTISRDDSKTLANLQMNSLKTEDTAVYYCARDHRRILTGYMDWGQGTLVTVSS",
    "EVQMDPSLKSRVTISIDTSKNQFSLRLNSVTAADTAVYYCAGVVSCSGGSPPFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQASGYTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIFWDDDKRYSPSLKSRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHDSPARLINYFDDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYFWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTMSIDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGKRREWYFDLRRGFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSGGYSWSWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKSQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDRAAGILVRAFDIWGQGTLVTVSS",
    "EVQTSLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVSWIRQPPGKALEWLALIDWDDDKYYSTSLKSRVTISIDTSKNHFSLQMNSLRAEDTAVYYCARAHRQSRGGAFDIWGQGTTVTVSS",
    "EVQTSGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTNYNPSLKSRVTMSVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARVSYYDSSWPPSPFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYHSGSTYYNPSLKTRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYHCARVASGAGTGHYYFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDSGYGEYWLDPTNYFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCTFSGFTFNNNHIHWVRQAPGKGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADTSVTTSYMELSSLRSDDTAVYYCARDDGSGTTWSDTSYWGQGTLVTVSS",
    "EVQMELSSLRSEETATENVCTAYGGSLRLSCAASGFTFSSTSMHWVRQAPGKGLEWVAVISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCARYSSGPGGYFAFDIWGQGTTVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVYGVGVKDYGWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCAREPQTGVVAAFFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARVCGGSCYRSSWFDPWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSPEQFSLKLTSVTAADTAVYYCAGGGGYDPYDFWSGYYSEYWGQGTLVTVSS",
    "EVQSLSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTPHLQLSLTCSVTDRAVYYCARAVYFSGSNFFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSSNTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVSWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLKSRVTISVDTSKNQFSLQLNSVTPEDSAAYYCARDGGRWFDFWGQGTLVVVSS",
    "EVQKFQGRVTMTEDTSKNTAYMELSSLRSEDTAVYYCARDRDTATGGYYGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSGGFYWSWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAIYYCARGLWYSSGYLRAFDIWGQGTTVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYNPSVYKSLNTFSTDDSKSELSLNSLTAADTAMYFCARLERWDYYDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQSSGYYLRVTTSRGPVTYYWSWIRQPPGRGLEWIGETFSGATIYHPSAVKGRVTMSVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARDLPHSSSPVYFDHWGQGTLVTVSS",
    "EVQTDSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGGYYDNAFAWWFDLWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSGGYYWNWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARDRRGSSSHNWYLYDHWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTISGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARVIVVGIPRAYDVWGQGTLVTVSS",
    "EVQISGDTAVYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSRNSLSLKLSSVTAADTAVYFCARIRAPEAGGAWGTHDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSGGSISSTSPMCVRQPPGDSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWISRIKSSSSYTNYADSVKGRFTISRDDAKNSVYLQMDSLRADDTAVYYCARSLGYSSSWYFDLWGKGTTVTVSS",
    "EVQTLVTVSSPSWIRQPPGKALEWLAIDYSGDKYYSPSLKSRVTISVDTPNNQFSLKLTSVTAADTAVYHCARLRSRTLSSGPPFDYWGQGALVTVSP",
    "EVQIDYWYFDLWGQGTLVTVSSTELDTAMYYYGLGYAMKDFWQRTKVTVSSTTVTVSSTTATVSSTTTTVDTATYYVDVWGQGTLVTVSSTAWDTAVYHSGSTNFNPSLWGQGALVTVSSTSWTTNYYIDAWGQGTLVTVSSTDWDTALYYYDSSGTYYFDYWGQATLVTVSSTTWSTAYYYDGTSTSTLYP",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRATISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYHCATLKGTALGWFDPWGQGTLVTVSS",
    "EVQVDTSNILFICGGAFAGLERIVSRRLGQGSIGFGASVGAKNTLESRHKGQSTLQLQETDVYGMVSDIVGMEDLLKFGLIPELVARLSTLVPMNSLSREALDVILLDTCRESFSQNQVELGVRLSVTPEAQDYLVRQSFDPAFGARPLRRAMQIYIEDPLSRAILSGEFAAEDTVVLRAEGDGLTFAPSA",
    "EVQVSSMTLVKPTQTLTLTCTFSGFPLSTYGIAWIRQPPGKALEWIGSIYHSGSTYYNPALKNRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAARPMLRRDAFDIWGQGTMVTVAS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYYFGSTSYNPSLKSRVTISIDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAGSSSYSFGGQQLSNYFDVDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQVSSMTAAWNDDTAYMELSCAASGFTFSSYWMHWVRQAPGKGLEWVAVISTGDSDTYIQSLQSRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPEDTAVYYCARHPHDENSGVGGVWGQGTLVTISS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKSQLNLKLSSVTAADTAVYFCARTASIFGVVKLLVPAALGFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQISGYYWSWIRQPNWMDVWGKGTTVTVSSASVKDYYWITIFGQGTMVTVSSTSVTGYSGSTFYSGATVTVSSTSVTVTSTYNYWGPYYSSTTVTVSSVSVTVSSTSAYYYGSYSSYTGSSYYNYGYRNWWGSGSNYWYSGYSSYYYSGSSSGYFYGYYSYYYGGYSSSRYYYYYG",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAIYHCARHLGVSLAFDIWGRGTMVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDPIAVVPTTGTFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQASGWIRQPPGKGLEWIGSISYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKAQFSLKLNSVTAADTAVYYCARGVDWDFDFWGQGTLVIVSS",
    "EVQTSKNQVVLTMTNMDPSLKSCAASGPTLYLQMNSLTAVDTAMYYCARRFDVWGQGTLVSYKYSDAFDIWGQGTMVTVSS",
    "EVQVSGGNYYYWSWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKYYSPSLKSRLTITKDTSKNQVVLTMTSLTAADTAVYYSARDWYGLEGIRGWLDPWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWAWIRQPPGRGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARLWGATMIVVGFDSWGQGTLVTVSS"
    ],
    "validation": [
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARHSIAASGSYCHFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISADKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYHCARDPTTGVTVAVFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQISGISWVRQPSLKSREEVSCKVSSNYSGSTHYWTWIRQPPGKALEWIGYIYYSGSTYYNPSLESRVSISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARRSLMPYFQHWGQGILVTVSS",
    "EVQVSSASVKVSCKASGYTFTSYAMHWVRQAPGQGLEWMGWINPSANTGYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCARLPIWEHYYYFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSSDIWGQGTLVTVSSKDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAPRLGSDYWGQGTLVIVSSKVTSRSQFYFSVSASGGSAYGQSGYDAFDIWGQGNLVTVSSKGGSGGQFSLQLNSVTAADTAIYFCARSITIFGSTFFGMDVWGQGTLVTVSA",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSNEWMNWVRQVPGKGLEWIGFVDPSDSTRYSPSFKSRLTMSLDTSVSTAYLQWRSLKASDTAMYYCARTRGMVRGIYAGDCGLYYFGYWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSGGKDTSKNQFSLKASCAASGFTFSRFAMTWIRQSPGQGLEWIGRIDYSGSEKYYSDSVKTRLAISKDNFKNQVSLRLNSVTAADTGTYYCARTLVTVSAPLKFHDAFDIWGRGTLVTVSS",
    "EVQVSSPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTNGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLRSHVSISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHVRTIFGVVWFGQGELVTVSS",
    "EVQAPGHISSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGRGDYDFWSGYLLDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSVSSGSYYWSWIRQPPGKGLQWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARETAVAGFDDCWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVSISIDKSKNQFSLKLSSVTPADTAVYYCARQSGYGGGVDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQTSTAYMYWVRQAPGPGMEWVSGIGGAGATQHYADSVKGRFTISRDNSKNTVYLQMNSLKTEDTAVYYCAKDWRDFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSGSVKGRFTISRDYADSTYYYGYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLQSRSVTASDTAVYYCARATGDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQDSDDTVYAEVKKPRPTKASVYTSTAYTQTLTLTCAVYSGSFSYYWGWIRQSPGKGLEWIGSAKSTSGNTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKVRSVTAADTAMYYCARGRYSGGDAFDIWGQGTMVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYSWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDQSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCATPPDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSGGSFSGYYWSWIRQPPGKGLEWIGSIHYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGRCVVGGGIEFGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQMPPISDSRVTIGVKVSRTTYYWSWVRQPPGKGLEWIGEINHDGSANYNPSFNPSLKSRLTIARDNAVTAYMELTSLTAADTGTYYCARRALGGSFDIWGQGTMVTVSS",
    "EVQMELSCLGLTSHWGLGQGYSMNWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNTKFADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCVKGDIVVVAAAWGALDFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQISGYTGSVKGRFTISKDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARYYDGFDYVWGSYYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYVYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYHCARDYDTATSRCYWGPGTLVTVSS",
    "EVQTSGMELTELSQTLSLTCMVQGTSLRSKYWSWVRQAPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPKLQARLTISIDTSKNQFSLRLTSVTAADTAVYYCAHVRYYDNWNPDYFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCAISGDSMTGGYGMHWVRQPPGKGLEWIGFIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDRYIAAYFGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQVSGGSISSSSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDVGYSSPDAFDIWGQGTMVTVSS",
    "EVQISGMELKFQGRVTIMPTANVSGTNYAQSLETLSLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQPAGKGLEWIGYIYTSGTTNYNPSLKSRLTISVDMSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGKYHSSYGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARSTFDYSSDFWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLTLTCTVSGDSVSSYWNWIRQSPGTGLEWIGRIYTSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARSGYMDYYDSSGYFYWNWFDPWGQGTLVTVSS",
    "EVQVRGSQLELSSLSSMELSWYYYYMDVWGSGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVTWVRQARGQALEWLARIGDDDKYYSTSLKTRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARGLEWGFDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARHSIAARSQRSHYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSYYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYSARDSSISSMDVWGQGTVVTVSS",
    "EVQMRGPGLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVSWIRQPPGKALEWLAIIYWDDDKFYSTSLKTRLTITKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARLVRYYDILTGRFDPWGQGTLVTVSS",
    "EVQTLSLTCSFSGSGFTFHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMTSLRAEDTAVYYCARDPVGGYPVHYYYGMDVWGQGTTVTVSS",
    "EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARDPMGTTSGGSIVVTIFGVVVPSVSVSP",
    "EVQMELSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRDEDTAVYYCATDYQGDYSIDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQVSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCASGSSYSGFDSYYDYWGQGTLVTVSS",
    "EVQTVSCKGSGYSFTAYINWVRQAPGQGLEWISRIDSSSTNTNYADSVKGRFTISRDNAKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCARGEGYWGQGTLVTVSS"
    ],
    "epochs": 1
}
})
headers = {
'Authorization': 'Token {}'.format(os.environ['BIOLMAI_TOKEN'])
'Content-Type': 'application/json'
}

response = requests.request("POST", url, headers=headers, data=payload)

print(response.text)

R

ibrary(RCurl)
headers = c(
'Authorization' = paste('Token', Sys.getenv('BIOLMAI_TOKEN')),
"Content-Type" = "application/json"
)
params = "{
\"pipeline\": \"finetune_protgpt2_generator\",
\"input_json\": {
    \"max_train\": 2000,
    \"max_validate\": 500,
    \"train\": [
    \"EVQSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSQFSLKLTSVTVADTATYYCARGRFGSSGYGMDVWGQGTTVSVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGERRYSSVFYFDYWGQGILVTVSS\",
    \"EVQHWINQAPGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHDGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLNLTSLTAADTALYYCARDYGSSSWYYYYGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQPAGKGLEWIGRIYYSGYTGYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGGPCSGGDCNSPWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSVSCKASGYTFTSYYMHWVRQAPGQGLEWMGIINPSGGSTSYAQKFQGWVTMTRDTSTSTVYMELSRLRSDDTAVYYCARGYNVVPDGYNIDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSSPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLKARVTVSVDRSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHRNDSGSYWTWMDVWGQGTTVTISS\",
    \"EVQVSGGSISSSSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTSYNPSLKSRVSISVDTSKNQFTLKLSSVTAADTAVYYCARTLQLLVVVPNFYFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQISGRFTISGGSVKGRFTISGGSVKDQFKISAVSVKGRFTVSGGSIKGRVTVSGSFTIPGGSVKGRFTVSGKFTIPGGSVMGRFTISG\",
    \"EVQTDTSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARSHCSGGSCYLTCDVSGASCRASLAFWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGYSISSGYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYRGSSTSYNPSLKSRVSISIDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCAREGSGYSSGAFDIWGSAYYYGMDVWGQGTTVTVSSS\",
    \"EVQVSSNSAAWNWIRQPPGKGLEWIGEMYHSSSSTTYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAIYYCAKGWESSWADYWGQGTLVTVAS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQHPGKGLEWIGYIDYSGSTNYNPSLKSRVSISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTALYYCARGRSGIAVFQHFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQFWSGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMRVSWIRQSPSRGLEWLALIDWDDNKYYYSSSVRGRFTISRDDSKNTLDLQMNSLRDEDTAVYYCAKGGFHSSGWFGYYGMDVWGQGTMVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSNYWWTWIRQPPGKGLEFIAVISTGGSSTIYKPAVKGRVTISRDTSKNQFSLRLTSVTAADTAFYYCTREGHCSHSAFDIWGRGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCAISGDSMTGGYGMHWVRQPPGKGLEWIGFIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDRYIAAYFGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTIDSLRAEDMYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSINQFSLKLTSVTAADTAVYFCARQGYGGDSWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQKFQGRVTMTEDTSTDTAYMELSSLRSEDTAVYYCARAQDRWVIGDYWYFDLWGRGTLVSVSS\",
    \"EVQVSSASVKVSCKASGYTFTDNWIGWVRQAPGQGLEWVGWINPNTGNPTYAQGFTGRFVFSLDTSVSTAYLQISSLKAEDTAVYYCARGLGAVAGAFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQIDTAYQWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSVKYNSSLKSRVTISTDKSKNQFSLKVNSVTAADTALYYCARGRHESGSYFYFDSWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISIDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARLYYDSSGVPNYGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNHFSLKLSSVTAADTAVYYCARGLSGIFGYSGYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKRQFSLKLSSVTAADTAVYYCARSYAAYCSGGSCFSEFFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSGSYYWSWIRQPPGKGLEYIGSLYTGATIYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGGFGSAMTPLNWFDPWGQGTMVTVSS\",
    \"EVQMELSCASVSSVTVSSQWSLTLTCTVSGFSITGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSIKYNPSLKSRVTISIDTSRNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARAQCGGSGCGGYSFDYWGQGTVVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARIGGYFFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRITISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARITTSSHYDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQMELSCAASGFTFDDYAMHWVRQAPGKGLEWVAFISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNPKNSLYLQMSSLRVEDTAVYYCAKDWTRYCGKDTLDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISIDSSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARSPTRVVAANGLNYWGQGTMVTVSS\",
    \"EVQSSGRFTISRDNAKPVTYYWSWIRQPAGKGLEWIGRIYTSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGAYLRRFWSGYFGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCVRQVGYCSAFDIWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTSYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLTSVTAADTAVYYCARRRQQLRRAPLVWGGGGGSPSWGQGTPVTISCEASGYTFNTRDTHWVRQAPGKGLEGVGYWSSTIDHNLPSLRDYVENFRNQFSLSITSMSAEDTAIYFCARSCGGHYYYDSSGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQVSGISWNWIRQPPGKGLEWIGSFNWDSEYSPSVKSRLTWSADTSKNQFSLQLNSVTVEDSAVYYCARYSSSITIFGVVVWGQGTTVSASS\",
    \"EVQMELISIGSSYYYYGMDVWGQGTLVTVSSTNYNPNSVNPTQTLTLTSTVYDYWGQGTTVTVSSTYYNPYSVNPTQTLTLTGTT\",
    \"EVQVSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLTSVTAADTAVYFCARGPIWTKYYYDSSGAFDIWGQGTMVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSNYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYHSGSANYNPSLKSRVTISIDRSRNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDGGYGSGAFDIWGQGTMVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARSGSWGSFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTSLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWNDDKRYSPSLEGRVTISVDTSTNQVSLKLNSVTTADTAVYYCTRGVGGAGPYYDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSSYTGSVKGRFTISCKGSGYSISSYAMHWVRQAPGKGLEWMGWISPDDSDASYAQRFQGRITMTTDTSVSTNTLSLQMNSLRPEDTAVYFCARADNSGVKFDPWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQHSGTSLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTRGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLASRVTLSKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARPSTVTLLWNYGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCAISGDSISSNSAAWNWIRQSPSRGLEWLGRTYYNGTDYADSVKSRITINVDNSTNTLSLQMNSLTAEDTAVYFCARERGDYFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQMHWVRQAPGKGLEWVSYISSSGSTIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDSALYHCAKDRAMMVRGLLDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQISGDTAMQVSVKGRFTISCTVSGGSISSHFWTWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGVWGSGSSIWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSFYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAWVRWLSQYYFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTYFWSGYTDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQVNWVRQAPGRGLEWISYIYSDSNKYYADSVKGRFTISRDDSKTLANLQMNSLKTEDTAVYYCARDHRRILTGYMDWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQMDPSLKSRVTISIDTSKNQFSLRLNSVTAADTAVYYCAGVVSCSGGSPPFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQASGYTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGVGVGWIRQPPGKALEWLALIFWDDDKRYSPSLKSRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHDSPARLINYFDDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYFWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTMSIDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGKRREWYFDLRRGFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSGGYSWSWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKSQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDRAAGILVRAFDIWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTSLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVSWIRQPPGKALEWLALIDWDDDKYYSTSLKSRVTISIDTSKNHFSLQMNSLRAEDTAVYYCARAHRQSRGGAFDIWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTSGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTNYNPSLKSRVTMSVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARVSYYDSSWPPSPFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYHSGSTYYNPSLKTRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYHCARVASGAGTGHYYFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDSGYGEYWLDPTNYFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTFSGFTFNNNHIHWVRQAPGKGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADTSVTTSYMELSSLRSDDTAVYYCARDDGSGTTWSDTSYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQMELSSLRSEETATENVCTAYGGSLRLSCAASGFTFSSTSMHWVRQAPGKGLEWVAVISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCARYSSGPGGYFAFDIWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVYGVGVKDYGWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCAREPQTGVVAAFFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARVCGGSCYRSSWFDPWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSPEQFSLKLTSVTAADTAVYYCAGGGGYDPYDFWSGYYSEYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQSLSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTPHLQLSLTCSVTDRAVYYCARAVYFSGSNFFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSSNTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVSWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLKSRVTISVDTSKNQFSLQLNSVTPEDSAAYYCARDGGRWFDFWGQGTLVVVSS\",
    \"EVQKFQGRVTMTEDTSKNTAYMELSSLRSEDTAVYYCARDRDTATGGYYGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSGGFYWSWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAIYYCARGLWYSSGYLRAFDIWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYNPSVYKSLNTFSTDDSKSELSLNSLTAADTAMYFCARLERWDYYDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQSSGYYLRVTTSRGPVTYYWSWIRQPPGRGLEWIGETFSGATIYHPSAVKGRVTMSVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARDLPHSSSPVYFDHWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTDSYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGGYYDNAFAWWFDLWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSGGYYWNWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARDRRGSSSHNWYLYDHWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTISGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARVIVVGIPRAYDVWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQISGDTAVYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSRNSLSLKLSSVTAADTAVYFCARIRAPEAGGAWGTHDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSGGSISSTSPMCVRQPPGDSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWISRIKSSSSYTNYADSVKGRFTISRDDAKNSVYLQMDSLRADDTAVYYCARSLGYSSSWYFDLWGKGTTVTVSS\",
    \"EVQTLVTVSSPSWIRQPPGKALEWLAIDYSGDKYYSPSLKSRVTISVDTPNNQFSLKLTSVTAADTAVYHCARLRSRTLSSGPPFDYWGQGALVTVSP\",
    \"EVQIDYWYFDLWGQGTLVTVSSTELDTAMYYYGLGYAMKDFWQRTKVTVSSTTVTVSSTTATVSSTTTTVDTATYYVDVWGQGTLVTVSSTAWDTAVYHSGSTNFNPSLWGQGALVTVSSTSWTTNYYIDAWGQGTLVTVSSTDWDTALYYYDSSGTYYFDYWGQATLVTVSSTTWSTAYYYDGTSTSTLYP\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQHPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRATISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYHCATLKGTALGWFDPWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVDTSNILFICGGAFAGLERIVSRRLGQGSIGFGASVGAKNTLESRHKGQSTLQLQETDVYGMVSDIVGMEDLLKFGLIPELVARLSTLVPMNSLSREALDVILLDTCRESFSQNQVELGVRLSVTPEAQDYLVRQSFDPAFGARPLRRAMQIYIEDPLSRAILSGEFAAEDTVVLRAEGDGLTFAPSA\",
    \"EVQVSSMTLVKPTQTLTLTCTFSGFPLSTYGIAWIRQPPGKALEWIGSIYHSGSTYYNPALKNRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAARPMLRRDAFDIWGQGTMVTVAS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYYFGSTSYNPSLKSRVTISIDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAGSSSYSFGGQQLSNYFDVDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQVSSMTAAWNDDTAYMELSCAASGFTFSSYWMHWVRQAPGKGLEWVAVISTGDSDTYIQSLQSRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPEDTAVYYCARHPHDENSGVGGVWGQGTLVTISS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKSQLNLKLSSVTAADTAVYFCARTASIFGVVKLLVPAALGFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQISGYYWSWIRQPNWMDVWGKGTTVTVSSASVKDYYWITIFGQGTMVTVSSTSVTGYSGSTFYSGATVTVSSTSVTVTSTYNYWGPYYSSTTVTVSSVSVTVSSTSAYYYGSYSSYTGSSYYNYGYRNWWGSGSNYWYSGYSSYYYSGSSSGYFYGYYSYYYGGYSSSRYYYYYG\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAIYHCARHLGVSLAFDIWGRGTMVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDPIAVVPTTGTFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQASGWIRQPPGKGLEWIGSISYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKAQFSLKLNSVTAADTAVYYCARGVDWDFDFWGQGTLVIVSS\",
    \"EVQTSKNQVVLTMTNMDPSLKSCAASGPTLYLQMNSLTAVDTAMYYCARRFDVWGQGTLVSYKYSDAFDIWGQGTMVTVSS\",
    \"EVQVSGGNYYYWSWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKYYSPSLKSRLTITKDTSKNQVVLTMTSLTAADTAVYYSARDWYGLEGIRGWLDPWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWAWIRQPPGRGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARLWGATMIVVGFDSWGQGTLVTVSS\"
    ],
    \"validation\": [
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARHSIAASGSYCHFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISADKSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYHCARDPTTGVTVAVFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQISGISWVRQPSLKSREEVSCKVSSNYSGSTHYWTWIRQPPGKALEWIGYIYYSGSTYYNPSLESRVSISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARRSLMPYFQHWGQGILVTVSS\",
    \"EVQVSSASVKVSCKASGYTFTSYAMHWVRQAPGQGLEWMGWINPSANTGYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYYCARLPIWEHYYYFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSSDIWGQGTLVTVSSKDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARAPRLGSDYWGQGTLVIVSSKVTSRSQFYFSVSASGGSAYGQSGYDAFDIWGQGNLVTVSSKGGSGGQFSLQLNSVTAADTAIYFCARSITIFGSTFFGMDVWGQGTLVTVSA\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSNEWMNWVRQVPGKGLEWIGFVDPSDSTRYSPSFKSRLTMSLDTSVSTAYLQWRSLKASDTAMYYCARTRGMVRGIYAGDCGLYYFGYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSGGKDTSKNQFSLKASCAASGFTFSRFAMTWIRQSPGQGLEWIGRIDYSGSEKYYSDSVKTRLAISKDNFKNQVSLRLNSVTAADTGTYYCARTLVTVSAPLKFHDAFDIWGRGTLVTVSS\",
    \"EVQVSSPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTNGVGVGWIRQPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLRSHVSISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCAHVRTIFGVVWFGQGELVTVSS\",
    \"EVQAPGHISSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEIYHSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGRGDYDFWSGYLLDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSVSSGSYYWSWIRQPPGKGLQWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARETAVAGFDDCWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVSISIDKSKNQFSLKLSSVTPADTAVYYCARQSGYGGGVDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTSTAYMYWVRQAPGPGMEWVSGIGGAGATQHYADSVKGRFTISRDNSKNTVYLQMNSLKTEDTAVYYCAKDWRDFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSGSVKGRFTISRDYADSTYYYGYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLQSRSVTASDTAVYYCARATGDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQDSDDTVYAEVKKPRPTKASVYTSTAYTQTLTLTCAVYSGSFSYYWGWIRQSPGKGLEWIGSAKSTSGNTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKVRSVTAADTAMYYCARGRYSGGDAFDIWGQGTMVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYSWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDQSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCATPPDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSGGSFSGYYWSWIRQPPGKGLEWIGSIHYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGRCVVGGGIEFGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQMPPISDSRVTIGVKVSRTTYYWSWVRQPPGKGLEWIGEINHDGSANYNPSFNPSLKSRLTIARDNAVTAYMELTSLTAADTGTYYCARRALGGSFDIWGQGTMVTVSS\",
    \"EVQMELSCLGLTSHWGLGQGYSMNWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNTKFADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCVKGDIVVVAAAWGALDFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQISGYTGSVKGRFTISKDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARYYDGFDYVWGSYYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYVYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYHCARDYDTATSRCYWGPGTLVTVSS\",
    \"EVQTSGMELTELSQTLSLTCMVQGTSLRSKYWSWVRQAPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPKLQARLTISIDTSKNQFSLRLTSVTAADTAVYYCAHVRYYDNWNPDYFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCAISGDSMTGGYGMHWVRQPPGKGLEWIGFIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDRYIAAYFGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQVSGGSISSSSYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARDVGYSSPDAFDIWGQGTMVTVSS\",
    \"EVQISGMELKFQGRVTIMPTANVSGTNYAQSLETLSLTCTVSGGSISSGGYYWSWIRQPAGKGLEWIGYIYTSGTTNYNPSLKSRLTISVDMSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARGKYHSSYGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARSTFDYSSDFWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLTLTCTVSGDSVSSYWNWIRQSPGTGLEWIGRIYTSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARSGYMDYYDSSGYFYWNWFDPWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVRGSQLELSSLSSMELSWYYYYMDVWGSGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVTWVRQARGQALEWLARIGDDDKYYSTSLKTRLTISKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARGLEWGFDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARHSIAARSQRSHYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSYYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYSARDSSISSMDVWGQGTVVTVSS\",
    \"EVQMRGPGLVKPTQTLTLTCTFSGFSLSTSGMCVSWIRQPPGKALEWLAIIYWDDDKFYSTSLKTRLTITKDTSKNQVVLTMTNMDPVDTATYYCARLVRYYDILTGRFDPWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCSFSGSGFTFHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMTSLRAEDTAVYYCARDPVGGYPVHYYYGMDVWGQGTTVTVSS\",
    \"EVQTLSLTCTVSGGSISSSSYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYFCARDPMGTTSGGSIVVTIFGVVVPSVSVSP\",
    \"EVQMELSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRDEDTAVYYCATDYQGDYSIDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQVSGGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCASGSSYSGFDSYYDYWGQGTLVTVSS\",
    \"EVQTVSCKGSGYSFTAYINWVRQAPGQGLEWISRIDSSSTNTNYADSVKGRFTISRDNAKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCARGEGYWGQGTLVTVSS\"
    ],
    \"epochs\": 1
}
}"
res <- postForm("https://biolm.ai/api/v1/finetune_run/", .opts=list(postfields = params, httpheader = headers, followlocation = TRUE), style = "httppost")
cat(res)

Definitions

max_train:

The maximum number of training examples to use. The value 2000 suggests that the model will be trained on up to 2000 sequences.

max_validate:

The maximum number of validation examples to use. The value 500 indicates that up to 500 sequences will be used for validating the model during training.

train:

An array of strings, where each string represents a training example (protein sequences).

validation:

Similarly, this is an array of validation sequences to evaluate the model’s performance during training.

epochs:

The number of times the training process will iterate over the entire training dataset. An epoch is one complete pass through the dataset. Here, it’s set to 1, which means the dataset will be passed through once.

JSON Response

Expand Example Response

{
"id": "14",
"pipeline": {
    "id": "1",
    "pipeline_slug": "finetune_protgpt2_generator"
},
"start_time": null,
"created_at": "2023-02-14T06:47:07.934402-08:00",
"end_time": null,
"status": "scheduled",
"algorithm": null
}

Definitions

Start_time:

This field records the time when the task started processing. Null indicates that the process has not started yet.

created_at:

The timestamp when the task was created or submitted to the system. It is in ISO 8601 date and time format with timezone information.

end_time:

Similar to start_time, this would record when the task finished processing. Null indicates it has not finished yet or has not started.

status:

This indicates the current state of the task. “scheduled” means that the task has been scheduled to run but has not yet started.

algorithm:

This indicates which algorithm or method is being used for the task. null suggests that this information is either not applicable, not decided yet, or simply not provided in the response.

API Usage: Generate Protein from FT ProtGPT2

URL: https://biolm.ai/api/v1/models/demofixed_finetune_protgpt2_generator_15/generate/

Making Requests

Curl

curl --location 'https://biolm.ai/api/v1/models/demofixed_finetune_protgpt2_generator_15/generate/' \
--header "Authorization: Token $BIOLMAI_TOKEN" \
--header 'Content-Type: application/json' \
--data '{
"instances": [{
    "data": {
        "text": "M",
        "max_length": 256,
        "repetition_penalty": 1.2,
        "temperature": 0.7,
        "num_samples": 2,
        "top_k": 1024,
        "do_sample": true
    }
}]
}'

Python Requests

import requests
import json

url = "https://biolm.ai/api/v1/models/demofixed_finetune_protgpt2_generator_15/generate/"

payload = json.dumps({
"instances": [
    {
    "data": {
        "text": "M",
        "max_length": 256,
        "repetition_penalty": 1.2,
        "temperature": 0.7,
        "num_samples": 2,
        "top_k": 1024,
        "do_sample": True
    }
    }
]
})
headers = {
'Authorization': 'Token {}'.format(os.environ['BIOLMAI_TOKEN']),
'Content-Type': 'application/json'
}

response = requests.request("POST", url, headers=headers, data=payload)

print(response.text)

R

library(RCurl)
headers = c(
'Authorization' = paste('Token', Sys.getenv('BIOLMAI_TOKEN')),
"Content-Type" = "application/json"
)
params = "{
\"instances\": [
    {
    \"data\": {
        \"text\": \"M\",
        \"max_length\": 256,
        \"repetition_penalty\": 1.2,
        \"temperature\": 0.7,
        \"num_samples\": 2,
        \"top_k\": 1024,
        \"do_sample\": true
    }
    }
]
}"
res <- postForm("https://biolm.ai/api/v1/models/demofixed_finetune_protgpt2_generator_15/generate/", .opts=list(postfields = params, httpheader = headers, followlocation = TRUE), style = "httppost")
cat(res)

JSON Response

Expand Example Response

{
"predictions": {
    "generated": [
    {
        "text": "MAGGSGGYGGVGPGGGGGCGGRGGHGGHGGQGGAGGHGKHGVHGSHGGNGGLGGNGGYGSGGGGGGGGGGGGSGGSGSGSGSGSGGGQGAYGQSGGSGDGSSGSGGGGGGGGGGGGGGGGSGSSGSGGGGGQGAYGGYGSGGGSGGSGGGGGGGSSGGGLDLS",
        "perplexity": 137.22583486792615
    },
    {
        "text": "MGGGGGGRERWGGRRGRGREGEERGGRSGGEGKEGRRREEGREEGRGGRGERGGGEGEREEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEEEGEGEGEGEERRRGRREGEGRRRRRERRGEEGRGRGEERRGGRRKEERRRKRRGGRGGGRRGEKRRGRREEGGRKGEGKGRGKRREKEGEGEGERRGKEKEKKRKKEGEEEGGGERRGDVWMGGRGGGREGKGGKGRKGGGGKEGRKGEGGGGGGGKEERRKEGGEGRRKRRGKRERRKRGRKGGKREGEGGEREGGEEREGRGGEERGKGKGEREEEGEKGGGGGRGGRGGRGRGGRKEGGRGGRKRGWGGKGGKREGKGERRGRKRR",
        "perplexity": 94.07628602747525
    }
    ]
}
}

Request Definitions

text:

The initial text prompt to start the sequence generation. In this case, “M” could indicate the model should generate protein sequences starting with the amino acid Methionine, denoted by “M” in single-letter amino acid codes.

max_length:

The maximum length of the sequence to generate. The model will generate sequences up to 256 characters long.

repetition_penalty:

A factor that penalizes repetition in the generated text to encourage diversity. A value of 1.2 makes it slightly more likely to generate different amino acids rather than repeating the same ones.

temperature:

A parameter controlling the randomness of the generation. A lower temperature (0.7 in this case) results in more predictable text, while a higher temperature would result in more varied outputs.

num_samples:

The number of sequences to generate in this request. It’s set to 2, meaning the API will generate two different sequences based on the input parameters.

top_k:

This parameter restricts the model’s sampling to the top-k most likely next characters. A high value like 1024 allows almost all characters to be considered, only slightly narrowing the distribution.

do_sample:

A boolean indicating whether sampling should be used. true means that the model will sample from the probability distribution for each next character, rather than just picking the most likely next character.

Response Definitions

text:

The protein sequence generated by the model. It is represented as a string of amino acid codes, where each letter corresponds to a different amino acid. For instance, “M” for Methionine at the beginning of each sequence.

perplexity:

A statistical measure of how well a probability model predicts a sample. A lower perplexity score indicates a better fit between the model and the sample. In this context, it can be interpreted as a measure of the model’s confidence in the generated sequence or how typical the sequence is based on the model’s training data. The first sequence has a perplexity of approximately 137.23, while the second has a lower perplexity of approximately 94.08, suggesting the model is more confident in the second sequence.

Related

ProtGPT2 Info